祝瀛元（？—？）字紫笙，順天府大興縣（今北京市）人，清末民初官員。[1]
光緒三十三年（1907年），祝瀛元任農工商部左參議。宣統元年（1909年），署農工商部右丞。[1]宣統元年五月，賞署農工商部右丞、左參議祝瀛元，候補三四品京堂、署農工商部左參議誠璋二等第二寶星。[2]
宣統三年（1911年），袁世凱內閣成立，農工商部副大臣熙彥暫署大臣（大臣為張謇，未就任），農工商部左丞祝瀛元署副大臣。[3]
1913年2月25日，祝瀛元出任安東關監督。[4]1915年9月14日，祝瀛元接替黃瑞麒任閩海關監督，一直任至1917年10月14日被孫啟泰取代。[5]
