嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型變異株
本文主要講述嚴重急性呼吸症候群冠狀病毒2變異株及其發生的錯義突變。
引發2019冠狀病毒病的嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型(SARS-CoV-2冠狀病毒)容易發生突變而產生變異株,關鍵病毒蛋白的突變即可能意味著其出現,目前已有多個變異株在世界各地形成並傳播。由於病毒的核酸序列變異有可能導致抗原漂移,而使得病毒得以逃避宿主的免疫應答,並影響疫苗的效力[1],這種現象稱為免疫逃避。
已有五種被世界衛生組織認定為值得關注的變異株,它們分別為Alpha變異株、Beta變異株、Gamma變異株、Delta變異株以及Omicron變異株。
變異株對照表
編輯最初檢出 | 代號 | 重要突變 | 傳播 | 相對於武漢首次發現變體的臨床變化 | ||||||
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地區 | 日期 | WHO標籤[2] | PANGO譜系 | PHE變種[3] | Nextstrain分化枝 | 傳播力 | 致命性 | 抗原性 | ||
奈及利亞 | 2020年8月[4] | — | B.1.1.207 | — | — | P681H[5] | 多國[6] | 無變化[5] | 無變化[5] | |
英國 | 2020年9月[2][7] | Alpha[A] | B.1.1.7[8] | VOC-20DEC-01 | 20I (V1)[9] | N501Y, 69–70del, P681H[5][10][11][12] | 全球[7] | 增高≈ ( 82%– 43 130%) [13] | 正在調查 | 抗體中和效力略降低[14] |
2021年1月[3] | B.1.1.7#E484K[3] | VOC-21FEB-02 | 20I (V1) | N501Y, 69–70del, P681H,[5][15] E484K | 多國 | 正在調查 | 正在調查 | 正在調查 | ||
丹麥 | 2020年9月[16] | — | B.1.1.298[17] | — | — | Y453F, 69–70deltaHV[18] | 可能滅絕[19] | |||
南非 | 2020年5月[2] | Beta[A] | B.1.351[5][8] | VOC-20DEC-02 | 20H (V2)[20] | N501Y, K417N, E484K[5][21][22][23][24][25] | 多國[26] | 增高≈ ( 50%– 20 113%) | 無變化[27] | 顯著降低抗體中和效力 |
日本 巴西 |
2020年11月[2] | Gamma[A] | P.1譜系[10][8] | VOC-21JAN-02 | 20J (V3)[31] | N501Y, E484K, K417T[5][32][33][34] | 美國、巴西等68國[35] | 增高≈ ( 161%– 145 174%) |
致命性增高≈ ( 50%– 20 90%) |
抗體中和效力降低 |
印度 | 2020年10月[2] | Delta[A] | B.1.617.2[39] | VOC-21APR-02 | 21A[40] | T478K, L452R, P681R | 多國 | 增高≈ 198% |
正在調查[F] | 抗體中和效力降低[46][30] |
美國 | 2020年3月[2][47] | Epsilon | B.1.427,B.1.429[47][48] | — | 21C[49] | L452R[48] | 多國[48] | 增高≈ ( 20%) 18.6%–24.2% |
恢復期和疫苗接種後血清中和效力降低 | |
巴西 | 2020年4月[51] | Zeta | P.2 | VUI-21JAN-01 | 20B/S.484K[52] | E484K,D614G,V1176F[53] | 多國[51] | 單株抗體中和效力可能降低,疫苗接種後血清中和效力降低 | ||
英國 奈及利亞 |
2020年12月[2][54] | Eta | B.1.525[55] | VUI-21FEB-03 | 21D[56] | E484K, F888L[55] | 加拿大、美國、德國等69國[54] | 單株抗體、恢復期和疫苗接種後血清中和效力可能降低 | ||
菲律賓 | 2021年1月[2] | Theta | P.3[57] | VUI-21MAR-02 | 21E[58] | E484K,N501Y,P681H,141–143del[59] | 菲律賓、美國等17國[57] | |||
印度 | 2020年10月[2] | Kappa | B.1.617.1[39] | VUI-21APR-01 | 21B[60] | E484Q, L452R, P681R[61] | 多國 | 抗體中和效力降低[46] | ||
秘魯 | 2020年8月[62] | Lambda | C.37[63] | VUI-21JUN-01 | 21G[64] | G75V,T76I,247-253del,L452Q,F490S,D614G,T859N[65] | 智利、美國、祕魯等44國[63] | |||
哥倫比亞 | 2021年1月 | Mu | B.1.621 | VUI-21JUL-1 | 21H | T95I、Y144S、Y145N、R346K、E484K N501Y、D614G、P681H、D950N |
哥倫比亞、美國等60國 | |||
波札那 | 2021年11月 | Omicron[A] | B.1.1.529 | VUI-21NOV-1 | 21K | A67V、Δ69-70、T95I、G142D、Δ143-145、Δ211 L212I、ins214EPE、G339D、S371L、S373P、S375F K417N、N440K、G446S、S477N、T478K、E484A Q493K、G496S、Q498R、N501Y、Y505H、T547K D614G、H655Y、N679K、P681H、N764K |
波札那、南非等數國 | 有可能提高[66] | 相對於 Delta: ( −63%– 69 74%) [67] | 疫苗對有症狀疾病的免疫效果降低 |
- ^ 1.0 1.1 1.2 1.3 1.4 被世界衛生組織列為高關注變異株
- ^ 2.0 2.1 The reported confidence or credible interval has a low probability, so the estimated value can only be understood as possible, not certain nor likely.
- ^ Another study[37] has estimated that P.1 may be ≈ (50% CrI, 100%– 70) more transmissible. 140%[B]
- ^ Preliminary results from a study in the Southern Region of Brazil found P.1 much more lethal for healthy young people. In groups without pre-existing conditions, the variant was found to be ≈ ( 490%– 220 985%) more lethal for men in the 20-39 age group, ≈ ( 465%– 190 1003%) more lethal for women in the 20-39 age group and ≈ ( 670%– 401 1083%) for women in the 40-59 age group.[38]
- ^ About ( 64%– 26 113%) more transmissible than the Alpha variant,[41] so 1.64 × 1.82 ≈ 2.98.
- ^ 相對2020年初參考病毒株,Delta變異株症狀發展更快、更嚴重[42];相對Alpha變異株,感染者住院率增加約一倍[43][44]。但根據英格蘭公共衛生署6月份報告,Delta變異株病例死亡率累計0.2%(如只計無注射疫苗則0.13%),而舊有Alpha變異株則為1.9%[45]
命名法
編輯目前嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型之變異株有三個常用的命名系統,分別由GISAID、Nextstrain和PANGO建立。[2]
2021年5月31日,世界衛生組織宣布為重要變種病毒提供希臘字母標籤,為免首先發現變種病毒的國家遭受歧視及汙名化。[68]其中,命名規則在Mu變異株後跳過了希臘字母「Nu」和「Xi」這兩個字母。據俄羅斯官方電視台《RT》報導,有不具名的WHO官員透露跳過「Nu」是為避免與發音相同的「New」混淆,至於跳過「Xi」則是由於這個字母的姓氏很普遍,為了避免「對區域的汙名化」[69][70][71][72]。
支序演化樹
編輯以下為嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型主要變種的支序演化樹簡化示意圖。[75]
SARS-CoV-2 |
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關注度之基準
編輯現階段的主流變異株
編輯需要關注的變異株(VOC)
編輯病毒變異是一個自然隨機過程,並引發關切的程度取決於其導致的傳染性、發病率、死亡率,及逃避檢測、免疫與治療的風險。目前在世界的主要變異株為最早發現於非洲南部由希臘字母「Omicron」標記。
Omicron(B.1.1.529譜系)
編輯B.1.1.529變異株(WHO命名為Omicron[109][110][111])是目前變異最多的2019冠狀病毒病病毒。據媒體簡報會上發佈:這個變異株有超過50個突變[112],而單單在棘蛋白的突變也有32種[110][113][112]。
- 於2021年11月,在非洲南部的波札那和南非發現[112][114][111]。
- 2021年11月24日,升級為「VUM」等級。
- 2021年11月26日,再升級為「VOC」等級。
- 目前變種分支亞型:BA.1(標準亞型)、BA.2、BA.3、BA.4、BA.5,總共超過千種以上的「次分支」、「子代」及「重組」變異株。
目前「VOC-VOI」等級(需要留意)變異株
編輯- JN.1
目前「VOC-VUM」等級(監視)變異株
編輯- KP.2
- KP.3
- KP.3.1.1
- JN.1.18
- LB.1
- XEC
過去的主流變異株
編輯需要關注的變異株(Previous VOC)
編輯Alpha(B.1.1.7譜系)
編輯B.1.1.7譜系,WHO命名為「Alpha」,又稱VOC 202012/01,並稱501Y.V1變種。部分與「N501Y」突變有關。有23個病毒基因變異點。
- 在2020年9月,首次從英國東南方的肯特郡(Kent)所發現採集的樣本中發現[115]。
- 2020年12月18日,升級為「VOC」等級。
- 2022年3月9日,降級為「Previous VOC」等級。
Beta(B.1.351譜系)
編輯B.1.351譜系,WHO命名為「Beta」,又稱501Y.V2變種。與「N501Y」、「K417N」、「E484K」突變有關,與先前的新冠病毒變種相比,501Y.V2變種的傳染率增加約50%。[116]有證據表明,501Y.V2變種的棘蛋白突變E484K可能會影響一些多株抗體和單株抗體的中和作用。當前尚未有證據表明該變種影響2019冠狀病毒病的嚴重程度[117]。。
- 2020年5月,在南非東開普省的納爾遜·曼德拉灣發現。
- 2020年12月18日,被南非科學家和衛生官員報道。[118][119]
- 2020年12月18日,升級為「VOC」等級。
- 2022年3月9日,降級為「Previous VOC」等級。
Gamma(P.1譜系)
編輯P.1譜系,WHO命名為「Gamma」,又稱501Y.V3變種。包括三個相關突變:「N501Y」、「E484K」和「K417T」。
- 2020年11月,在巴西發現。
- 2021年1月2日,在東京國際機場從四名巴西飛抵日本的旅客發現,由日本國立感染症研究所報道[117]。
- 2021年1月11日,升級為「VOC」等級。
- 2022年3月9日,降級為「Previous VOC」等級。
Delta(B.1.617.2譜系)
編輯B.1.617譜系是2020年10月於印度發現的一種雙突變變異株。直到2021年1月前,該變異株的感染人數都寥寥無幾。4月時該變異株已經蔓延至超過20個國家,遍及南極洲和南美洲以外的所有大洲。[120][121][122]
在該變異株約15個譜系定義突變中包括棘蛋白突變D111D(同義突變)、G142D[123]、P681R、E484Q[107]、L452R[124],其中後兩個突變可能會影響恢復期血漿和單株抗體的中和作用。[125]
英國公共衛生部於5月7日將B.1.617.2列為「高關注變異株」,命名為VOC-21APR-02。[96][126]
5月10日WHO稱,因為B.1.617較高的傳染性,該變異正被列為全球範圍內受關切變種[127]。6月1日WHO將受關切變種限定為B.1.617譜系當中的B.1.617.2(Delta)變種。[128] 稍後WHO將B.1.617.2命名為「Delta」。
5月21日,越南宣布發現一種傳播性更高,由Delta變異株加上Alpha變異株上突變的病毒株。[129]6月3日,WHO澄清該病毒株不符合新混合變種的定義,並將其列為帶有突變的Delta變種。[130]
據報道,Delta變異株基本傳染數R0大約為6(有說法稱其高達8或9)[131],是嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型原始毒株基本傳染數的2倍以上。[132]
- 2021年4月4日,為升級為「VOI」等級。
- 2021年5月11日,為升級為「VOC」等級。
- 2022年6月7日,降級為「Previous VOC」等級。
需要留意的變異株(Previous VOI)
編輯Epsilon(B.1.427譜系、B.1.429譜系)
編輯B.1.427譜系、B.1.429譜系,WHO命名為「Epsilon」,於2020年3月在美國加州首次發現。
- 2021年3月5日,升級為「VOI」等級。
- 2021年7月6日,降級為「Previous VOI」等級。
Zeta(P.2譜系)
編輯P.2譜系,WHO命名為「Zeta」,於2020年4月在巴西里約熱內盧首次發現。
- 2021年3月17日,升級為「VOI」等級。
- 2021年7月6日,降級為「Previous VOI」等級。
Eta(B.1.525譜系)
編輯B.1.525譜系,WHO命名為「Eta」,於2020年12月在奈及利亞首次發現。
- 2021年3月17日,升級為「VOI」等級。
- 2021年9月20日,降級為「Previous VOI」等級。
Iota(B.1.526譜系)
編輯B.1.526譜系,WHO命名為「Iota」,於2020年11月在美國紐約首次發現。
- 2021年3月20日,升級為「VOI」等級。
- 2021年9月20日,降級為「Previous VOI」等級。
Theta(P.3譜系)
編輯P.3譜系,WHO命名為「Theta」,於2021年1月在菲律賓首次發現。
- 2021年3月24日,升級為「VOI」等級。
- 2021年7月6日,降級為「Previous VOI」等級。
Kappa(B.1.617.1)
編輯B.1.617譜系的三個子譜系之一當中的「B.1.617.1」,WHO命名為「Kappa」,於2020年10月在印度首次發現。
- 2021年4月4日,升級為「VOI」等級。
- 2021年9月20日,降級為「Previous VOI」等級。
Lambda(C.37譜系)
編輯C.37譜系,WHO命名為「Lambda」,於2020年8月在秘魯首次發現。
- 2021年6月14日,升級為「VOI」等級。
- 2022年3月9日,降級為「Previous VOI」等級。
Mu(B.1.621譜系)
編輯B.1.621譜系,WHO命名為「Mu」,於2021年1月在哥倫比亞首次發現。
- 2021年8月30日,升級為「VOI」等級。
- 2022年3月9日,降級為「Previous VOI」等級。
備註
編輯- ^ 臺灣疾管署按美國CDC定義分三類,稱為:需留意變異株(Variants of Interest, VOI)、高關注變異株(Variants of Concern, VOC)、高衝擊變異株(Variant of High Consequence)。
參見
編輯參考文獻
編輯- ^ SARS CoV-2 spike variants exhibit differential infectivity and neutralization resistance to convalescent or post-vaccination sera. [2021-03-24]. (原始內容存檔於2021-12-08).
- ^ 2.00 2.01 2.02 2.03 2.04 2.05 2.06 2.07 2.08 2.09 追踪SARS-CoV-2变体. 世界衛生組織. [2021-06-18]. (原始內容存檔於2021-12-14).
- ^ 3.0 3.1 3.2 3.3 Variants: distribution of case data, 9 July 2021. GOV.UK. [2021-07-10]. (原始內容存檔於2021-07-14) (英語).
- ^ Lineage B.1.1.207. cov-lineages.org. [2021-07-15]. (原始內容存檔於2021-07-18).
- ^ 5.0 5.1 5.2 5.3 5.4 5.5 5.6 5.7 CDC. Emerging SARS-CoV-2 Variants. Centers for Disease Control and Prevention. [2021-01-04]. (原始內容存檔於2021-05-15) (美國英語). 本文含有此來源中屬於公有領域的內容。
- ^ Lineage B.1.1.207. PANGO lineages. [2021-03-20]. (原始內容存檔於2021-01-27).
- ^ 7.0 7.1 Lineage B.1.1.7. PANGO lineages. [2021-05-31]. (原始內容存檔於2021-06-07).
- ^ 8.0 8.1 8.2 8.3 Walensky, Rochelle P.; Walke, Henry T.; Fauci, Anthony S. SARS-CoV-2 Variants of Concern in the United States—Challenges and Opportunities. JAMA. 2021-03-16, 325 (11). ISSN 0098-7484. doi:10.1001/jama.2021.2294.
- ^ Variant: 20I (Alpha, V1). covariants.org. [2021-06-28]. (原始內容存檔於2021-06-29).
- ^ 10.0 10.1 10.2 ECDC. Risk related to the spread of new SARS-CoV-2 variants of concern in the EU/EEA - first update (PDF). 歐洲疾病預防控制中心. 2021-01-21 [2021-02-02]. (原始內容存檔 (PDF)於2021-02-22).
- ^ Gallagher, James. Coronavirus: UK variant 'may be more deadly'. 英國廣播公司新聞. 2021-01-22 [2021-01-22]. (原始內容存檔於2021-05-23).
- ^ Chand et al.,"Potential impact of spike variant N501Y" (p. 6).
- ^ Davies NG, Abbott S, Barnard RC, Jarvis CI, Kucharski AJ, Munday JD; et al. Estimated transmissibility and impact of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 in England.. Science. 2021, 372 (6538) [2022-04-03]. PMC 8128288 . PMID 33658326. doi:10.1126/science.abg3055. (原始內容存檔於2021-08-27).
- ^ 14.0 14.1 Susceptibility of Circulating SARS-CoV-2 Variants to Neutralization. [2021-06-04]. (原始內容存檔於2021-05-06).
- ^ Chand et al. (2020),第6頁,Potential impact of spike variant N501Y.
- ^ SARS-CoV-2 mink-associated variant strain – Denmark. 世界衛生組織. 2020-11-06 [2021-01-16]. (原始內容存檔於2020-11-12).
- ^ Multiple SARS-CoV-2 variants escape neutralization by vaccine-induced humoral immunity. PubMed Central. 2021-03-12 [2021-06-10]. (原始內容存檔於2021-12-08) (美國英語).
- ^ Lassaunière, Ria. SARS-CoV-2 spike mutations arising in Danish mink and their spread to humans. Statens Serum Institut. 2020-11-11 [2020-11-11]. (原始內容存檔於2020-11-10).
- ^ De fleste restriktioner lempes i Nordjylland [most restrictions eased in North Jutland]. Sundheds- og Ældreministeriet. 2020-11-19 [2021-01-16]. (原始內容存檔於2021-01-20).
Sekventeringen af de positive prøver viser samtidig, at der ikke er påvist yderligere tilfælde af minkvariant med cluster 5 siden den 15. september, hvorfor Statens Serums Institut vurderer, at denne variant med stor sandsynlighed er døet ud. ("With high probability [...] died out")
- ^ Variant: 20H (Beta, V2). covariants.org. [2021-07-04]. (原始內容存檔於2021-07-09).
- ^ Lowe, Derek. The New Mutations. In the Pipeline. American Association for the Advancement of Science. 2020-12-22 [2020-12-23]. (原始內容存檔於2021-01-29).
I should note here that there's another strain in South Africa that is bringing on similar concerns. This one has eight mutations in the Spike protein, with three of them (K417N, E484K and N501Y) that may have some functional role.
- ^ Kupferschmidt, Kai. New coronavirus variants could cause more reinfections, require updated vaccines. Science (American Association for the Advancement of Science). 2021-01-15 [2021-02-02]. doi:10.1126/science.abg6028. (原始內容存檔於2021-02-22).
- ^ Coronavirus variants and mutations: The science explained. BBC News. 2021-01-06 [2021-02-02]. (原始內容存檔於2021-02-22) (英國英語).
- ^ Brief report: New Variant Strain of SARS-CoV-2 Identified in Travelers from Brazil (PDF) (新聞稿). Japan: NIID (National Institute of Infectious Diseases). 2021-01-12 [2021-01-14]. (原始內容存檔 (PDF)於2021-01-15).
- ^ Kupferschmidt, Kai. New mutations raise specter of 'immune escape'. Science. 2021-01-22, 371 (6527): 329–330 [2021-01-25]. PMID 33479129. doi:10.1126/science.371.6527.329. (原始內容存檔於2021-05-13).
- ^ B.1.351. PANGO lineages. [2021-03-20]. (原始內容存檔於2021-06-09).
- ^ Sruthi S. Notable Variants And Mutation Of SARS-CoV-2. BioTecNika. 2021-02-10 [2021-03-22]. (原始內容存檔於2021-04-17).
- ^ Planas D, Bruel T, Grzelak L, et al. Sensitivity of infectious SARS-CoV-2 B.1.1.7 and B.1.351 variants to neutralizing antibodies. Nature Medicine. 2021-04-14, 27 (5): 917–924. PMID 33772244. doi:10.1038/s41591-021-01318-5 .
- ^ Coronavirus: Sinovac vaccine gives 70 per cent less protection against South African variant, but Hongkongers urged to still get jab. www.scmp.com. 2021-04-20 [2021-04-20]. (原始內容存檔於2021-06-06).
- ^ 30.0 30.1 Wall, Emma C; Wu, Mary; Harvey, Ruth; Kelly, Gavin; Warchal, Scott; Sawyer, Chelsea; Daniels, Rodney; Hobson, Philip; Hatipoglu, Emine; Ngai, Yenting; Hussain, Saira; Nicod, Jerome; Goldstone, Robert; Ambrose, Karen; Hindmarsh, Steve; Beale, Rupert; Riddell, Andrew; Gamblin, Steve; Howell, Michael; Kassiotis, George; Libri, Vincenzo; Williams, Bryan; Swanton, Charles; Gandhi, Sonia; Bauer, David LV. Neutralising antibody activity against SARS-CoV-2 VOCs B.1.617.2 and B.1.351 by BNT162b2 vaccination. The Lancet. 2021-06, 397 (10292): 2331–2333. doi:10.1016/S0140-6736(21)01290-3.
- ^ Variant: 20J (Gamma, V3). covariants.org. [2021-06-26]. (原始內容存檔於2021-06-30).
- ^ Voloch, Carolina M.; et al. (2020). "Genomic characterization of a novel SARS-CoV-2 lineage from Rio de Janeiro, Brazil" (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館) full text (see figure 5). Retrieved 15 January 2021. doi:10.1101/2020.12.23.20248598 – via MedRxiv.
- ^ Lovett, Samuel. What we know about the new Brazilian coronavirus variant. 獨立報 (London). 2021-01-14 [2021-01-14]. (原始內容存檔於2021-01-15).
- ^ Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings. Virological. 2021-01-12 [2021-01-23]. (原始內容存檔於2021-05-20) (英語).
- ^ Lineage P.1. cov-lineages.org. [2021-08-11]. (原始內容存檔於2022-01-06).
- ^ Coutinho RM, Marquitti FM, Ferreira LS, Borges ME, da Silva RL, Canton O, et al. Model-based estimation of transmissibility and reinfection of SARS-CoV-2 P.1 variant. medRxiv (Preprint). 2021-03-23: 9 [2021-04-29]. S2CID 232119656. doi:10.1101/2021.03.03.21252706. (原始內容存檔於2021-05-03).
The new variant was found to be about 2.6 times more transmissible (95% Confidence Interval (CI): 2.4–2.8) than previous circulating variant(s). ... Table 1: Summary of the fitted parameters and respective confidence intervals considering the entire period, November 1 2020-January 31, 2021 maintaining the same pathogenicity of the previous variant. Parameter: Relative transmission rate for the new variant. Estimate: 2.61. 2.5%: 2.45. 97.5%: 2.76.
- ^ 37.0 37.1 Faria NR, Mellan TA, Whittaker C, Claro IM, Candido DS, Mishra S, et al. Genomics and epidemiology of the P.1 SARS-CoV-2 lineage in Manaus, Brazil. Science. 2021-05-21, 372 (6544): 815–821. ISSN 0036-8075. PMC 8139423 . PMID 33853970. doi:10.1126/science.abh2644 .
Within this plausible region of parameter space, P.1 can be between 1.7 and 2.4 times more transmissible (50% BCI, 2.0 median, with a 99% posterior probability of being >1) than local non-P1 lineages and can evade 21 to 46% (50% BCI, 32% median, with a 95% posterior probability of being able to evade at least 10%) of protective immunity elicited by previous infection with non-P.1 lineages, corresponding to 54 to 79% (50% BCI, 68% median) cross-immunity ... We estimate that infections are 1.2 to 1.9 times more likely (50% BCI, median 1.5, 90% posterior probability of being >1) to result in mortality in the period after the emergence of P.1, compared with before, although posterior estimates of this relative risk are also correlated with inferred cross-immunity. More broadly, the recent epidemic in Manaus has strained the city’s health care system, leading to inadequate access to medical care. We therefore cannot determine whether the estimated increase in relative mortality risk is due to P.1 infection, stresses on the Manaus health care system, or both. Detailed clinical investigations of P.1 infections are needed.
- ^ Freitas AR, Lemos DR, Beckedorff OA, Cavalcanti LP, Siqueira AM, Mello RC, et al. The increase in the risk of severity and fatality rate of covid-19 in southern Brazil after the emergence of the Variant of Concern (VOC) SARS-CoV-2 P.1 was greater among young adults without pre-existing risk conditions (Preprint). 2021-04-19 [2021-05-27]. doi:10.1101/2021.04.13.21255281. (原始內容存檔於2021-06-04) –透過medRxiv.
Female 20 to 39 years old, with no pre-existing risk conditions, were at risk of death 5.65 times higher in February (95% CI, 2.9-11.03; p <0.0001) and in the age group of 40 and 59 years old, this risk was 7.7 times higher (95% CI, 5.01-11.83; p <0.0001) comparing with November-December. ... The heterogeneity observed between the age groups was greater when we analyzed the subgroup of the population without preexisting risk conditions where we found that the CFR in the female sex in the second wave was 1.95 times (95% CI, 1.38-2.76) the CFR of the first wave in the population over 85 years old and was 7.7 times (95% CI, 5.01-11.83; p < 0.0001) in the population between 40 and 59 years old. In the male population without previous diseases, the CFR in the second wave was 2.18 (95% CI, 1.62-2.93) times the CFR of the first wave in the population over 85 years old and 5.9 (95% CI, 3.2-10.85; p < 0, 0001) higher in the range between 20 and 39 years old.
- ^ 39.0 39.1 39.2 PANGO lineages. cov-lineages.org. [2021-04-17]. (原始內容存檔於2021-06-03).
- ^ Variant: 21A (Delta). covariants.org. [2021-06-29]. (原始內容存檔於2021-07-29).
- ^ SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England, technical briefing 15 (PDF) (Briefing). Public Health England. 2021-06-11 [2021-06-15]. (原始內容存檔 (PDF)於2021-07-04).
- ^ In China's latest outbreak, doctors say the infected get sicker, faster.. [2021-06-12]. (原始內容存檔於2022-03-24).
- ^ SARS-CoV-2 Delta VOC in Scotland: demographics, risk of hospital admission, and vaccine effectiveness. [2021-06-14]. (原始內容存檔於2021-06-15).
- ^ Hospital admission and emergency care attendance risk for SARS-CoV-2 delta (B.1.617.2) compared with alpha (B.1.1.7) variants of concern: a cohort study. [2021-08-28]. (原始內容存檔於2022-03-31).
- ^ SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England Technical Briefing 18 (PDF). Public Health England: 11. 2021-07-09 [2021-07-19]. (原始內容存檔 (PDF)於2021-07-23) (英語).
- ^ 46.0 46.1 Yadav, PD; Sapkal, GN; Abraham, P; Ella, R; Deshpande, G; Patil, DY; Nyayanit, DA; Gupta, N; Sahay, RR; Shete, AM; Panda, S; Bhargava, B; Mohan, VK. Neutralization of variant under investigation B.1.617 with sera of BBV152 vaccinees.. Clinical infectious diseases : an official publication of the Infectious Diseases Society of America. 2021-05-07. PMID 33961693. doi:10.1093/cid/ciab411.
- ^ 47.0 47.1 Lineage B.1.427. cov-lineages.org. [2021-07-15]. (原始內容存檔於2021-07-29).
- ^ 48.0 48.1 48.2 Lineage B.1.429 (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館) cov-lineages.org, accessed 19 March 2021, Graphic shows B.1.429 detected in the USA, Mexico, Canada, the UK, France, Denmark, Australia, Taiwan, Japan, South Korea, Australia, New Zealand, Guadeloupe, and Aruba
- ^ Variant: 21C (Epsilon). covariants.org. [2021-07-02]. (原始內容存檔於2021-07-09).
- ^ Deng X, Garcia-Knight MA, Khalid MM, Servellita V, Wang C, Morris MK, et al. Transmission, infectivity, and antibody neutralization of an emerging SARS-CoV-2 variant in California carrying a L452R spike protein mutation. MedRxiv (Preprint). March 2021. PMC 7987058 . PMID 33758899. doi:10.1101/2021.03.07.21252647.
- ^ 51.0 51.1 Lineage P.2. PANGO lineages. [2021-06-04]. (原始內容存檔於2021-04-28).
- ^ Variant: S:E484. covariants.org. [2021-07-17]. (原始內容存檔於2021-07-19).
- ^ Spike Variants: Zeta variant, aka P.2. covdb.stanford.edu. Stanford University Coronavirus Antiviral & Resistance Database. [2021-07-18]. (原始內容存檔於2021-06-30).
- ^ 54.0 54.1 B.1.525. PANGO lineages. [2021-03-20]. (原始內容存檔於2021-06-22).
- ^ 55.0 55.1 B.1.525. Rambaut Group, University of Edinburgh. PANGO Lineages. 2021-02-15 [2021-02-16]. (原始內容存檔於2021-06-22).
- ^ Variant: 21D (Eta). covariants.org. [2021-07-05]. (原始內容存檔於2021-07-31).
- ^ 57.0 57.1 Lineage P.3. cov-lineages.org. [2021-06-06]. (原始內容存檔於2021-05-05).
- ^ Genomic epidemiology of novel coronavirus - Global subsampling. Nextstrain. [2021-07-21]. (原始內容存檔於2021-07-22).
- ^ PGC SARS-CoV-2 Bulletin No. 7: Detection and characterization of a new SARS-CoV-2 lineage P.3, with spike protein mutations E484K, N501Y, P681H and LGV 141–143 deletion, from samples sequenced through the intensified UP-PGC, UP-NIH and DOH biosurveillance program. Philippine Genome Center. 2021-03-13 [2021-06-24]. (原始內容存檔於2021-05-03).
- ^ Variant: 21B (Kappa). covariants.org. [2021-06-26]. (原始內容存檔於2021-07-31).
- ^ Nuki, Paul; Newey, Sarah. Arrival of India’s ‘double mutation’ adds to variant woes, but threat posed remains unclear. The Telegraph. 2021-04-16 [2021-04-17]. ISSN 0307-1235. (原始內容存檔於2021-06-21) (英國英語).
- ^ 62.0 62.1 WHO: COVID-19 Weekly Epidemiological Update, Edition 44, published 15 June 2021 (PDF). [2021-06-17]. (原始內容存檔 (PDF)於2021-12-08).
- ^ 63.0 63.1 Lineage C.37. cov-lineages.org. [2021-07-30]. (原始內容存檔於2021-07-21).
- ^ Variant: 21G (Lambda). covariants.org. [2021-07-09]. (原始內容存檔於2021-07-21).
- ^ Lambda variant, aka C.37, and B.1.1.1 sublineage in Peru and Chile. covdb.stanford.edu. Stanford University Coronavirus Antiviral & Resistance Database. [2021-07-19]. (原始內容存檔於2021-06-30).
- ^ 66.0 66.1 Risk assessment for SARS-CoV-2 variant Omicron (PDF) (Assessment). Public Health England. 22 December 2021 [23 December 2021]. GOV-10869. (原始內容存檔 (PDF)於2021-12-24). 引用錯誤:帶有name屬性「phe-omicron-risk-assessment」的
<ref>
標籤用不同內容定義了多次 - ^ Nyberg, Tommy; Ferguson, Neil M.; Nash, Sophie G.; Webster, Harriet H.; Flaxman, Seth; Andrews, Nick; Hinsley, Wes; Bernal, Jamie Lopez; Kall, Meaghan; Bhatt, Samir; Blomquist, Paula. Comparative analysis of the risks of hospitalisation and death associated with SARS-CoV-2 omicron (B.1.1.529) and delta (B.1.617.2) variants in England: a cohort study. The Lancet. 2022-03-16, 0 (0) [2022-04-03]. ISSN 0140-6736. PMID 35305296. doi:10.1016/S0140-6736(22)00462-7. (原始內容存檔於2022-03-24) (英語).
- ^ 不再稱印度變種、英國變種病毒!避免污名化 WHO用希臘字母命名新冠變異病毒株 風傳媒20210601. [2021-06-04]. (原始內容存檔於2021-06-04).
- ^ WHO pressed to explain ‘skipping’ Nu & Xi Covid strains. RT. 2021-11-26 [2021-11-28]. (原始內容存檔於2021-11-27) (英語).
- ^ 新變種病毒命名「避開Xi」!WHO官員:避免冒犯汙名化. 三立新聞網. 2021-11-27 [2021-11-27]. (原始內容存檔於2021-12-08) (中文(臺灣)).
- ^ 變異病毒Omicron命名有原因 外媒揭露為何不是Nu和Xi. 自由時報. 2021-11-27 [2021-11-27]. (原始內容存檔於2021-12-08) (中文(臺灣)).
- ^ WHOが中国に配慮?新変異株「ニュー」「クサイ」が飛ばされたワケ. 日刊スポーツ. 2021-11-27 [2021-11-27]. (原始內容存檔於2021-11-27) (日語).
- ^ 73.0 73.1 73.2 73.3 73.4 73.5 73.6 PANGO: Lineage B.1. [2021-06-19]. (原始內容存檔於2021-12-08).
- ^ 74.0 74.1 B.1演化支包含有D614G突變,即新冠病毒S蛋白的第614胺基酸位點D(天冬氨酸)到G(甘氨酸)的變異。
- ^ Alm, E.; Broberg, E. K.; Connor, T.; Hodcroft, E. B.; Komissarov, A. B.; Maurer-Stroh, S.; Melidou, A.; Neher, R. A.; O』Toole, Áine; Pereyaslov, D.; The WHO European Region sequencing laboratories and GISAID EpiCoV group; et al. Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020. Euro Surveillance. 2020, 25 (32). PMC 7427299 . PMID 32794443. doi:10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410.
- ^ Zhukova, Anna; Blassel, Luc; Lemoine, Frédéric; Morel, Marie; Voznica, Jakub; Gascuel, Olivier. Origin, evolution and global spread of SARS-CoV-2. Comptes Rendus Biologies. 2020-11-24: 1–20 [2021-03-14]. PMID 33274614. doi:10.5802/crbiol.29. (原始內容存檔於2021-02-21).
- ^ Potential variant of interest in South Africa assigned to the PANGO lineage C.1.2. [2021-08-30]. (原始內容存檔於2021-12-08).
- ^ Novel sublineage within B.1.1.1 currently expanding in Peru and Chile, with a convergent deletion in the ORF1a gene (Δ3675-3677) and a novel deletion in the Spike gene (Δ246-252, G75V, T76I, L452Q, F490S, T859N). [2021-06-19]. (原始內容存檔於2022-01-15).
- ^ The Brazil variant: what we know. [2021-04-15]. (原始內容存檔於2021-12-08).
- ^ Variants: distribution of cases data. Public Health England. Government Digital Service. [16 February 2021]. (原始內容存檔於7 June 2021). Updated frequently. Data up to 19 May 2021 included in the 2 July 2021 update.
- ^ 81.0 81.1 Scientists find ‘stealth’ version of Omicron not identifiable with PCR test. [2021-12-07]. (原始內容存檔於2021-12-07).
- ^ Lee, Bruce Y. New BA.2.12.1 Omicron Subvariant Is Even More Contagious, Fueling Covid-19 Upswing In New York State. Forbes. [2022-04-15] (英語).
- ^ Doucleff, Michaeleen. 2 new omicron variants are spreading in N.Y. and elsewhere. Here's what we know. NPR. 2022-04-14 [2022-04-15]. (原始內容存檔於2022-04-15) (英語).
- ^ New omicron variant BA.2.75: No hard evidence yet, but cause for concern. [2022-07-17]. (原始內容存檔於2022-08-11).
- ^ World Health Organization COVID-19 Weekly Epidemiological Update (4 September 2022)
- ^ 86.0 86.1 Will there be a COVID winter wave? What scientists say
- ^ 87.0 87.1 87.2 87.3 87.4 87.5 87.6 87.7 87.8 Tracking SARS-CoV-2 variants. [2022-09-22]. (原始內容存檔於2021-06-06).
- ^ Philippines still free of immune-evasive XBB subvariant. [2022-10-15]. (原始內容存檔於2022-10-16).
- ^ 89.0 89.1 TAG-VE statement on Omicron sublineages BQ.1 and XBB. [2022-11-01]. (原始內容存檔於2023-02-04).
- ^ SARS-CoV-2 evolution, post-Omicron. [2022-12-06]. (原始內容存檔於2023-01-15).
- ^ Another new COVID variant is spreading – here's what we know about omicron BA.4.6. [2022-09-14]. (原始內容存檔於2022-12-22).
- ^ New Omicron offshoot BA.4.6 evades protection of Evusheld's antibodies, study finds. [2022-09-16]. (原始內容存檔於2022-11-19).
- ^ Just in time for fall, there's a brand-new COVID variant making headway in the U.S.
- ^ 94.0 94.1 Lineage B.1.1. [2021-07-16]. (原始內容存檔於2022-10-05).
- ^ EXPLAINED: Why Omicron Is A Family Of Four And How Its BA.1 Sublineage Is The One To Watch Out For. [2022-01-17]. (原始內容存檔於2022-01-17).
- ^ 96.0 96.1 Public Health England says coronavirus variant B.1.617.2 is a variant of concern. [2021-05-07]. (原始內容存檔於2021-05-18).
- ^ New "Delta Plus" variant of covid-19 detected, submitted to global-data-system: Govt. [2021-06-16]. (原始內容存檔於2021-12-08).
- ^ 英国卫生安全局调查德尔塔毒株的一种新亚型. [2021-11-06]. (原始內容存檔於2021-12-08).
- ^ PANGO lineages Lineage B.1.618 (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館) cov-lineages.org, accessed 23 April 2021
- ^ What is the new 'triple mutant variant' of Covid-19 virus found in Bengal? How bad is it? (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館) www.indiatoday.in, accessed 23 April 2021
- ^ SARS-CoV-2 variants of concern as of 11 May 2021. www.ecdc.europa.eu. 11 May 2021 [13 May 2021]. (原始內容存檔於2021-06-16).
- ^ Explainer: Beyond Delta, scientists are watching new coronavirus variants. [2021-08-08]. (原始內容存檔於2022-03-16).
- ^ What Do We Know About B.1.621? — Variant garners attention after deadly Belgian nursing home outbreak. [2021-08-18]. (原始內容存檔於2021-12-08).
- ^ WHO identifies new coronavirus 'variant of interest' and experts urge caution on boosters. [2021-09-01]. (原始內容存檔於2021-12-08).
- ^ SARS-CoV-2 variants of concern as of 18 November 2021. [2021-05-14]. (原始內容存檔於2021-06-16).
- ^ Coronavirus: Indian 'double mutant' strain named B.1.617. www.thehindu.com. 2021-04-09 [2021-04-10]. (原始內容存檔於2021-05-26).
- ^ 107.0 107.1 Shrutirupa. IS THIS COVID – 20? | Double Mutant Strain Explained. Self Immune. 2021-04-17 [2021-04-18]. (原始內容存檔於2021-04-23) (美國英語).
- ^ 108.0 108.1 108.2 跟踪严重急性呼吸综合征冠状病毒2变异株. www.who.int. [2023-01-02]. (原始內容存檔於2021-12-14) (中文).
- ^ WHO labels new COVID-19 variant 'of concern', names it Omicron. [2021-11-26]. (原始內容存檔於2021-12-08).
- ^ 110.0 110.1 羅心妤. 強過Delta!新變種病毒「Nu」入侵亞洲 英國衛生大臣示警:史上最糟突變. [2021-11-26]. (原始內容存檔於2021-12-16) (中文(繁體)).
- ^ 111.0 111.1 猛毒Nu勁過Delta 許樹昌憂疫苗效力低於4成 促禁非洲人士入境. 東方日報 (香港). 2021-11-26 [2021-11-26]. (原始內容存檔於2021-12-08) (中文(香港)).
- ^ 112.0 112.1 112.2 Covid: New heavily mutated variant B.1.1.529 in South Africa raises concern. BBC新聞. 2021-11-25 [2021-11-25]. (原始內容存檔於2021-11-26) (英語).
- ^ Tom Pyman; Connor Boyd. 'Our scientists are deeply concerned': Sajid Javid sounds alarm over new 'worst-ever' super-mutant Covid variant that will make vaccines at least 40 per cent 'less effective' as flights are BANNED from South Africa and five other African countries. Daily Mail Online. 2021-11-25 [2021-11-26]. (原始內容存檔於2022-02-01) (英語).
- ^ Tracking SARS-CoV-2 variants (Tables: Currently designated Variants Under Monitoring -describes 529 variant as present in 'Multiple countries'- and 'Formerly monitored variants'- B.1.523 & B.1.619 Reclassified Nov 2021). WHO. 2021-11-25 [2021-11-25]. (原始內容存檔於2021-06-06) (英語).
- ^ Rambaut, Andrew; Loman, Nick; Pybus, Oliver; Barclay, Wendy; Barrett, Jeff; Carabelli, Alesandro; Connor, Tom; Peacock, Tom; L. Robertson, David; Volz, Erik. Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations (報告). Written on behalf of COVID-19 Genomics Consortium UK. 2020-12-19 [2020-12-20]. (原始內容存檔於2020-12-21).
- ^ Pearson CAB; Russell TW; Davies NG; et al. Estimates of severity and transmissibility of novel SARS-CoV-2 variant 501Y.V2 in South Africa. 2021-01-11 [2021-03-25]. (原始內容存檔於2021-06-11).
- ^ 117.0 117.1 Science Brief: Emerging SARS-CoV-2 Variants. CDC. [2021-03-23]. (原始內容存檔於2021-05-15).
- ^ Sheri Fink. South Africa announces a new coronavirus variant.. 紐約時報. 2020-12-18 [2021-03-25]. (原始內容存檔於2020-12-21).
- ^ SA reaches grim milestone of 1 million Covid-19 cases. Independent Online. [2021-03-23]. (原始內容存檔於2021-05-26).
- ^ PANGO lineages. cov-lineages.org. [2021-04-18]. (原始內容存檔於2021-06-03).
- ^ Koshy, Jacob. Coronavirus | Indian 'double mutant' strain named B.1.617. The Hindu. 2021-04-08 [2021-04-13]. (原始內容存檔於2021-05-26) (英語).
- ^ India's variant-fuelled second wave coincided with spike in infected flights landing in Canada. Toronto Sun. 2021-04-10 [2021-04-10]. (原始內容存檔於2021-06-02).
- ^ "Convergent evolution of SARS-CoV-2 spike mutations, L452R, E484Q and P681R, in the second wave of COVID-19 in Maharashtra, India". 2021-04-24 [2021-04-25]. doi:10.1101/2021.04.22.440932. (原始內容存檔於2021-05-30).
- ^ 'Double mutant': What are the risks of India's new Covid-19 variant. www.bbc.co.uk/news. 2021-03-25 [2021-04-11]. (原始內容存檔於2021-04-28).
- ^ Haseltine WA. An Indian SARS-CoV-2 Variant Lands In California. More Danger Ahead? (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館) Forbes.com, Apr 12, 2021, accessed 14 April 2021
- ^ British scientists warn over Indian coronavirus variant. Reuters. 2021-05-07 [2021-05-07]. (原始內容存檔於2021-05-22).
- ^ WHO classifies India variant as being of global concern
- ^ WHO narrows in on COVID Delta variant. [2021-06-06]. (原始內容存檔於2021-06-06).
- ^ 越南新病毒株傳染力更強 印度與英國變異株混種 中央社20210529. [2021-05-30]. (原始內容存檔於2021-06-08).
- ^ Robert Hart. ‘No New Hybrid Variant’ In Vietnam, World Health Organization Official Says. 福布斯. 2021-06-03 [2021-06-18]. (原始內容存檔於2021-06-24).
- ^ CDC document warns Delta variant appears to spread as easily as chickenpox and cause more severe infection. [2021-08-01]. (原始內容存檔於2021-08-01).
- ^ Delta Dilemma: Loosening Covid-19 Controls At A Time Of Increased Danger. [2021-07-14]. (原始內容存檔於2021-07-14).
外部連結
編輯- WHO: Tracking SARS-CoV-2 variants (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
- Science Brief: Emerging SARS-CoV-2 Variants (CDC) (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
- SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions (CDC) (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
- Variants of concern or under investigation: data up to 5 May 2021 (PHE) (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
- SARS-CoV-2 variants of concern as of 11 May 2021 (ECDC) (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
- Living Evidence - SARS-CoV-2 variants (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
- Coronavirus Variants and Mutations (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)