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大衛·貝克 (生物化學家)

美国生物化学家、计算生物学家
關於其他名為「大衛·貝克」的人物，請見「大衛·貝克」。

大衛·貝克（英語：David Baker，1962年10月6日—），美國生物化學家、計算生物學家，他開創了設計蛋白質（英語：Protein design）和預測其三維結構的方法。[2]他是侯活·休斯醫學研究所研究員、華盛頓大學亨麗埃塔和奧布里·戴維斯生物化學教授，華盛頓大學基因組學、生物工程、化學工程、計算機科學和物理學副教授。貝克​等人研發的人工智能程序現在在很大程度上解決了蛋白質結構預測的問題。他還是美國國家科學院院士，華盛頓大學蛋白質設計研究所所長。

大衛·貝克 2024年諾貝爾化學獎得主
David Baker
David Baker at the summit of Spark Plug Mountain, Washington, July 31, 2013
2013年
出生 (1962-10-06) 1962年10月6日（62歲）
 美國華盛頓州西雅圖
母校
知名於
配偶漢內爾·羅霍拉-貝克（英語：Hannele Ruohola-Baker）
獎項
網站www.bakerlab.org
科學生涯
研究領域計算生物學
機構
博士導師蘭迪·謝克曼
其他指導者大衛·阿加德（英語：David Agard）
博士生李察·博諾（英語：Richard Bonneau）
其他著名學生布萊恩·庫爾曼（英語：Brian Kuhlman）
塔尼婭·科特梅（英語：Tanja Kortemme）

2024年，貝克因開發蛋白質摺疊RossetaFold榮獲諾貝爾化學獎[3][4] 。

生平

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1962年10月6日，大衛·貝克出生於美國華盛頓州西雅圖。1984年獲得哈佛大學的本科學位。1989年在加州大學伯克利分校蘭迪·謝克曼的實驗室獲得了生物化學博士學位，主要研究酵母中的蛋白質運輸。1993年，他在加州大學三藩市分校跟隨David Agard一起完成了生物物理學博士後培訓。貝克於1993年進入華盛頓大學醫學院生物化學系任教，2000年成為侯活·休斯醫學研究所研究員[5]，2009年當選美國文理科學院院士[6]。

研究

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貝克以開發預測及設計蛋白質結構與功能的計算方法而知名，同時主導着一個活躍的生物化學實驗小組[2]，學術生涯出版過600多篇論文[7]。

貝克團隊研發出從頭預測蛋白質結構的Rosetta算法，該算法後來發展成分佈式計算項目Rosetta@home，一個用於蛋白質設計（英語：protein design）的工具[2][8][9]，也衍生出一款名為Foldit的電子遊戲[10][11][12]。貝克曾擔任Rosetta Commons主任，該組織是由眾多實驗室和研究人員組成的聯盟，他們負責開發預測及設計生物分子結構預測的軟件。貝克團隊也經常參與結構預測比賽CASP，專攻從頭計算法，包括Rosetta協議手動輔助版和自動運行版[13][14]。

貝克團隊也活躍於蛋白質設計（英語：protein design）領域[2][15]，最知名的研究成果是設計出首個擁有新式摺疊的人工蛋白質Top7（英語：Top7）[16]。

貝克與他人成立多家生物技術公司，包括2001年被禮來子公司收購的Prospect Genomics、2023年被阿斯利康收購的Iscosavax[17]、Sana Biotechnology、Lyell Immunotherapeutics和Xaira Therapeutics。

獎項

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參考資料

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  1. ^ 1.0 1.1 David Baker. Arnold and Mabel Beckman Foundation. [2018-08-01]. （原始內容存檔於2018-08-02）. 
  2. ^ 2.0 2.1 2.2 2.3 Howes, Laura. Protein wrangler, serial entrepreneur, and community builder. Chemical & Engineering News. 
  3. ^ 3.0 3.1 The Nobel Prize in Chemistry 2024. Nobel Media AB. [2024-10-09]. （原始內容存檔於2024-10-09）. 
  4. ^ 4.0 4.1 Press release: The Nobel Prize in Chemistry 2024. NobelPrize.org. [2024-10-09]. （原始內容存檔於2024-10-09） （美國英語）. 
  5. ^ David Baker, PhD. hhmi.org. Howard Hughes Medical Institute. [2024-09-30] （英語）. 
  6. ^ Book of Members, 1780-2010: Chapter B (PDF). American Academy of Arts and Sciences. [2011-05-05]. （原始內容存檔 (PDF)於2011-07-25）. 
  7. ^ 由Google學術搜索索引的大衛·貝克出版物
  8. ^ Castillo, Oscar; Melin, Patricia; Kacprzyk, Janusz (編). Fuzzy Logic Augmentation of Neural and Optimization Algorithms: Theoretical Aspects and Real Applications. Springer. 2018: 455 [2018-08-02]. ISBN 9783319710075. （原始內容存檔於2024-10-09）. 
  9. ^ Bonneau, Richard; Ruczinski, Ingo; Tsai, Jerry; Baker, David. Contact order and ab initio protein structure prediction. Protein Science. August 2002, 11 (8): 1937–1944. PMC 2373674  . PMID 12142448. doi:10.1110/ps.3790102. 
  10. ^ Hand, E. Citizen science: People power. Nature. 2010, 466 (7307): 685–687. PMID 20686547. doi:10.1038/466685a  . 
  11. ^ Cooper, S.; Khatib, F.; Treuille, A.; Barbero, J.; Lee, J.; Beenen, M.; Leaver-Fay, A.; Baker, D.; Popović, Z.; Players, F. Predicting protein structures with a multiplayer online game. Nature. 2010, 466 (7307): 756–760. Bibcode:2010Natur.466..756C. PMC 2956414  . PMID 20686574. doi:10.1038/nature09304. 
  12. ^ Marshall, Jessica. Victory for crowdsourced biomolecule design. Nature Publishing Group. 2012-01-22 [2024-09-30]. （原始內容存檔於2024-02-04）. 
  13. ^ Dimaio, F.; Terwilliger, T. C.; Read, R. J.; Wlodawer, A.; Oberdorfer, G.; Wagner, U.; Valkov, E.; Alon, A.; Fass, D.; Axelrod, H. L.; Das, D.; Vorobiev, S. M.; Iwaï, H.; Pokkuluri, P. R.; Baker, D. Improved molecular replacement by density- and energy-guided protein structure optimization. Nature. 2011, 473 (7348): 540–3. Bibcode:2011Natur.473..540D. PMC 3365536  . PMID 21532589. doi:10.1038/nature09964. 
  14. ^ Qian, B.; Raman, S.; Das, R.; Bradley, P.; McCoy, A. J.; Read, R. J.; Baker, D. High-resolution structure prediction and the crystallographic phase problem. Nature. 2007, 450 (7167): 259–64. Bibcode:2007Natur.450..259Q. PMC 2504711  . PMID 17934447. doi:10.1038/nature06249. 
  15. ^ Zimmer, Carl. Scientists Are Designing Artisanal Proteins for Your Body. The New York Times. 2017-12-26 [2018-08-02]. （原始內容存檔於2018-08-02）. 
  16. ^ Kuhlman, Brian; Dantas, Gautam; Ireton, Gregory C.; Varani, Gabriele; Stoddard, Barry L.; Baker, David. Design of a Novel Globular Protein Fold with Atomic-Level Accuracy. Science. 2003-11-21, 302 (5649): 1364–1368. Bibcode:2003Sci...302.1364K. PMID 14631033. S2CID 1939390. doi:10.1126/science.1089427. 
  17. ^ Soper, Taylor. AstraZeneca will pay up to $1.1B to acquire Icosavax, a Univ. of Washington biotech spinout. GeekWire. 2023-12-12 [2024-10-01]. （原始內容存檔於2024-07-15）. 
  18. ^ 2002 Overton Prize Winner - David Baker. iscb.org. International Society for Computational Biology. [2024-09-30]. 
  19. ^ Newcomb Cleveland Prize Recipients. aaas.org. [2024-09-30]. （原始內容存檔於2023-12-11）. 
  20. ^ Winners of the 2004 Feynman Prizes in Nanotechnology. foresight.org. [2024-09-30]. （原始內容存檔於2024-10-09）. 
  21. ^ Leila Gray. University of Washington biochemist David Baker to receive 2008 Sackler International Prize in Biophysics for discoveries in protein folding. University of Washington. 2008-11-24 [2013-04-29]. 
  22. ^ Breakthrough Prize – Winners Of The 2021 Breakthrough Prizes In Life Sciences, Fundamental Physics And Mathematics Announced. breakthroughprize.org. [2021-12-13]. （原始內容存檔於2021-01-26）. 
  23. ^ The Wiley Prize in Biomedical Sciences. wiley.com. [2024-09-30]. （原始內容存檔於2023-03-14）. 
  24. ^ BBVA Foundation Frontiers of Knowledge Award 2022. [2023-01-25]. （原始內容存檔於2021-09-21）. 
  25. ^ Henshall, Will. David Baker. Time. Time Magazine. 2024-05-02 [2024-09-30]. （原始內容存檔於2024-10-09） （英語）. 

外部連結

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