核酸結構
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核酸結構(英語:Nucleic acid structure)是指如DNA與RNA的核酸生物分子結構。從化學角度上講,DNA與RNA是非常相似的。DNA與RNA的結構常分為四個不同水平:一級、二級、三級及四級。
能夠直接計算出DNA機械性質的實驗技術相對較新,且要在溶液中進行高解像度觀察也較困難,不過科學家仍然解出了許多關於DNA機械性質的數據。關於DNA機械性質的研究,包括不同型態的DNA雙螺旋、DNA超螺旋、非螺旋型態、鹼基配對鍵結、熔點等。
一級結構
編輯一級結構是由通過磷酸二酯鍵連接在一起的核苷酸的線性序列。它是核苷酸的這種線性序列組成DNA或RNA的一級結構。核苷酸由3個組成部分組成:
二級結構
編輯二級結構是鹼基之間的相互作用集合,即鏈的哪些部分彼此結合。 在DNA雙螺旋中,兩條DNA鏈通過氫鍵連在一起。 一條鏈鹼基上的核苷酸與另一條鏈上的核苷酸成對配對。 二級結構負責核酸所承受的形狀。DNA中的鹼基被分類為嘌呤和嘧啶。嘌呤是腺嘌呤和鳥嘌呤。嘌呤由雙環結構,含氮的六元環和五元環組成。嘧啶是胞嘧啶和胸腺嘧啶。它有一個單一的環狀結構,有一個含氮六元環。嘌呤鹼基總是與嘧啶鹼基(鳥嘌呤(G)與胞嘧啶(C),與腺嘌呤(A)與胸腺嘧啶(T)或尿嘧啶(U))配對。DNA的二級結構主要通過彼此纏繞的兩條多核苷酸鏈的鹼基對來確定,以形成雙股螺旋。
三級結構
編輯三級結構是指原子在三維空間中的位置,考慮到幾何和位阻效應空間限制。 它比二級結構更高一級,其中發生線性聚合物的大規模摺疊,並且整個鏈條被摺疊成特定的三維形狀。DNA的結構形式有4個不同區域。
- 手性 - 右手性或左手性
- 螺旋匝的長度
- 每匝鹼基對數
- 主凹槽與次凹槽之間的尺寸差異
四級結構
編輯核酸的四級結構與蛋白質四級結構相似。 雖然一些概念不完全相同,但四級結構是指較高級別的核酸組織。 此外,它是指核酸與其他分子的相互作用。 核酸的較高級組織的最常見形式以染色質的形式出現,這導致其與小蛋白質組蛋白的相互作用。 此外,四元結構是指核糖體或剪接體中分離的RNA單元之間的相互作用[2]。
DNA螺旋幾何
編輯據信在自然界中發現了至少三種DNA構象,即A-DNA,B-DNA和Z-DNA。
幾何學特性 | A-DNA | B-DNA | Z-DNA |
---|---|---|---|
螺旋方向 | 向右 | 向右 | 向左 |
重複單位 | 1 bp | 1 bp | 2 bp |
每單位轉角 | 33.6° | 35.9° | 60°/2bp |
平均旋轉一周所用單位數 | 10.7 | 10.0 | 12 |
Inclination of bp to axis | +19° | -1.2° | -9° |
軸向每單位位移 | 2.3 Å | 3.32 Å | 3.8 Å |
每旋轉一周位移 | 24.6 Å | 33.2 Å | 45.6 Å |
Mean propeller twist | +18° | +16° | 0° |
糖基角 | anti | anti | C: anti, G: syn |
Sugar pucker | C3'-endo | C2'-endo | C: C2'-endo, G: C3'-endo |
直徑 | 25.5 Å | 23.7 Å | 18.4 Å |
參看
編輯參考文獻
編輯- ^ Krieger M, Scott MP, Matsudaira PT, Lodish HF, Darnell JE, Lawrence Z, Kaiser C, Berk A. Section 4.1: Structure of Nucleic Acids. Molecular cell biology. New York: W.H. Freeman and CO. 2004 [2017-03-22]. ISBN 0-7167-4366-3. (原始內容存檔於2019-09-24).
- ^ Strucual Biochemistry/Nucleic Acid/DNA/DNA Structure. [11 December 2012]. (原始內容存檔於2021-03-23).