國務院第三辦公室是1954年至1959年中華人民共和國國務院設立的辦事機構。
1954年11月10日,國務院發出命令[1]設立國務院第三辦公室,協助總理掌管重工業部、第一機械工業部、第二機械工業部、燃料工業部、地質部、建築工程部的工作。
1959年6月,國務院第九十次全體會議決定撤銷國務院第三辦公室,工作移交國務院工業交通辦公室。