国务机要费

国务机要费为中华民国总统府因应执行业务需要，并核定国务机密相关案件所需之费用。根据总统府单位预算所附之《岁出计画提要及分支计画概况表》所述，国务机要费系供中华民国总统依据中华民国宪法规定行使职权相关必要之费用，包括政经建设访视、军事访视、犒赏及奖助、宾客接待与礼品致赠等费用。另一方面，因为马英九特别费案之审理法官蔡守训认为该费用与其他机关首长之特别费相异，故行政院于2004年对特别费不需检具原始凭证列报金额不得超出一半之统一规定对该费用并不适用，总统府本身并未对国务机要费做出相关的规定，因而据称应该并不受行政院统一规定之限制。但自2006年9月起，行政院主计处及总统府开始对国务机要费订定相关规定，要求国务机要费及特别费全部都需要单据列报，回归相关的主计法规之规定。

费用审核权和其他机关一样，是由其内部的主计部门，即总统府会计室所负责，而决算后的审计与稽察才是属于监察院审计部的权责。

运用

国务机要费支准则与《国务机要经费支用程序作业规定》与《总统府执行国务机要经费作业规定》两法规相关，金额约为数千万不等，2000年－2005年间，因执政党民进党沿用原本两法之单据核销方式，遭反对党与媒体质疑总统府事涉“贪污”及“伪造文书”。

据报导，总统府自2005年9月，国务机要费已经从原本领据方式改为“代收款”方式入帐，收支均透过“代收款”科目，使明细及报表能完整正确表达一定期间的收支情形，并于总统府会计月报内显示，使国务机要费的帐务处理合于规定。不过经舆论抨击后，2006年9月起，依总统府新修订的“总统府执行国务机要经费作业规定”，国务机要费帐户付款作业重新配合调整，除废止2005年修正的代收款收支方式外，改采更严格支逐笔开立付款凭单方式支付。也就是新法规之国务机要费支用，既不采用“代收款”科目执行收支帐务，也不恢复以往用领据支领国务机要费半数的作法。

争议

国务机要费主管机关为行政院主计处，而非监察院审计部。因此，审计部没有权力规定国务机要费要以何种方式报销 ，而只有主计处和总统府会计室有权订定其核销方式。但若主计处或会计室所订之方式有违反会计相关法规时，审计部有义务告知主计处和会计室其方式有违法之虞，即使是当相关法规修法之后，主计处或会计室却没有修正相关方式时。

监察院审计部发言人王永兴曾称，国务机要费的核销方式需请其主管机关主计处说明。而主计处之说明为“国务机要费，具有机密费、机要费、特别费等多重性质”。且主计法规中并无硬性规定国务机要费之报支方式，故若主计处亦无对其无统一之规定，则其之中的机密费、机要费与特别费之比例自然可以依其实际之需要而做弹性之调整，而无机密费不可超出总体费用的一半之规定。