十三衙门，由清朝宦官吴良辅建议设立的机构，于清顺治十一年（1654年）设立。
十三衙门乃仿明朝体例内官廿四衙门而设。其下即：司礼监、御用监、御马监、内官监（宣徽院）、尚衣监、尚膳监、尚宝监（尚宝司）、司设监、尚方监（尚方院）、惜薪司、钟鼓司（礼仪监、礼仪院）、兵杖局、织染局（经局）。
顺治十八年（1661年），吴良辅等被孝庄太皇太后以“内官干政”所诛，裁撤十三衙门，另由上三旗包衣组设内务府，改尚膳监为采捕衙门，改惜薪司为内工部，又改御用监为广储司，宣徽院为会稽司，礼仪院为掌仪司，尚方院为慎刑司，采捕衙门为都虞司，内工部为营造司，又自掌仪司分出庆丰司。
