国务院第三办公室是1954年至1959年中华人民共和国国务院设立的办事机构。
1954年11月10日,国务院发出命令[1]设立国务院第三办公室,协助总理掌管重工业部、第一机械工业部、第二机械工业部、燃料工业部、地质部、建筑工程部的工作。
1959年6月,国务院第九十次全体会议决定撤销国务院第三办公室,工作移交国务院工业交通办公室。