孔子廟是日本長崎縣長崎市的一座孔廟，建於1893年，1982年重修，為中式建築。1983年起設有中國歷史博物館，裡面展出北京故宮博物院借出的文物。
現存建築有黌門、欞星門、儀門、兩廡、七十二賢人像、大成殿。每年9月最後的星期六有祭孔儀式。
